答：1.关于违法用地依法处罚后经营性用地是否可以协议出让问题按照国土资源部令第39号《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》第四条规定：工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地以及同一宗地有两个以上意向用地者，应当以招标、拍卖或者挂牌方式出让。违法用地依法处罚后，属经营性用地的也必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让。2.关于违法用地上的地上建筑物在招拍挂时的处置问题依照有关法律没收地上建筑物后，委托有资质的评估机构对地上建筑物进行评估作价，以地价与地上建筑物价格确定出让底价，实行招拍挂出让。